Bert Honig studeerde blokfluit aan het Sweelinck Conservatorium Amsterdam bij Marijke Miessen, Walter van Hauwe en Kees Boeke. Van 1986-2023 maakte hij deel uit van Brisk Recorder Quartet Amsterdam. Met BRISK volgde hij interpretatielessen bij Frans Brüggen, gaf hij talloze concerten in Nederland, vele Europese landen, Canada en Noord en Zuid Amerika, en trad hij op bij gerenommeerde festivals. Hij is met BRISK op meer dan tien door de pers zeer goed ontvangen cd's te beluisteren.
Bert Honig werkte ook mee aan concerten en cd-opnames van de Amsterdamse Bachsolisten o.l.v. Richard Egarr en Roy Goodman. Verder geeft hij regelmatig concerten met Musica Batavia, en met Mimi Mitchell en Christina Edelen. Met sopraan Judith van Wanroij en klavecinist Johan Hofmann vorm hij de kern van het ensemble Le Nouveau Concert. Hij is werkzaam als privédocent blokfluit en gaf workshops en masterclasses over de hele wereld. Met Musica Batavia geeft hij ook zomercursussen in Frankrijk. Bert Honig was jarenlang een van de drijvende krachten binnen de organisatie van de SONBU. Tegenwoordig is hij de juryvoorzitter van het concours van de Open Recorder Days Amsterdam.